Organisasi Kemahasiswaan
Organisasi kemahasiswaan merupakan wadah bagi mahasiswa untuk mengembangkan kapasitas kemahasiswaannya berupa aspirasi, inisiasi, atau gagasan-gagasan positif dan kreatif melalui berbagai kegiatan yang relevan dengan tujuan pendidikan nasional serta visi dan misi institut STIKES Bethesda Yakkum itu sendiri yang bekerja secara organisatoris.
STIKES Bethesda memiliki Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) yang berjalan dengan pengawasan dari waket III Bidang Kemahasiswaan, Kerjasama dan Alumni.
BEM STIKES Bethesda Yakkum Yogyakarta tahun 2018/2019 yang diketuai oleh Wayan Agus Wijane beranggotakan 25 mahasiswa. Organisasi tersebut merangkul seluruh kegiatan mahasiswa di lingkungan STIKES Bethesda Yakkum Yogyakarta.
Unit Kegiatan Mahasiswa
Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) STIKES Bethesda Yakkum Yogyakarta memiliki kegiatan dalam bidang kesenian maupun olahraga.
Berikut jenis UKM di STIKES Bethesda Yakkum Yogyakarta beserta penangungjawab masing-masing UKM
| NO. | Nama UKM | Penanggungjawab |
| 1 | English Club | Faniea Maawati |
| 2 | Paduan Suara Mahasiswa | Chemara Almavira |
| 3 | Kulintang | Wayan Agus Wijane |
| 4 | Tari | Ni Putu Ira |
| 5 | Fotografi | Hosea Putra Aditya |
| 6 | Modelling | Priska Angelia |
| 7 | Futsal | Oktavian Bayu Tri M. |
| 8 | Bola Basket | Jilien Veky Seliana |
| 9 | Bola Volly | Novita Lia |
| 10 | Tenis Meja | Petra Ardianta |
| 11 | Bulu Tangkis | Yunus Harianto |
| 12 | Pencak Silat | Kuncoro Anang Prasudi |
