Mahasiswa STIKES Bethesda Yakkum berkesempatan untuk mendapatkan beasiswa, melalui beberapa instansi yang bekerjasama dengan STIKES Bethesda Yakkum, yaitu:
- Kemenristekdikti: Peningkatan Prestasi Akademik (PPA)
- Yayasan Astra
- Eka Tjipta Foundation
- Bank Pembangunan Daerah (BPD)
- Dinas Pendidikan dan Olahraga (DIKPORA)
- Bank Rakyat Indonesia (BRI)
- PT Siloam International Hospitals Tbk.